臭氧及其二次產物(如羥基)具有最強的殺菌性及滅活病毒的作用，可有效防止傳染性疾病的蔓延，實驗證明，同樣濃度的臭氧殺滅細菌和病毒的效果是氯的600-3000倍。在臭氧濃度為1mg/l時，糞型大腸桿菌的滅活只需要5秒，用同樣濃度的氯要達到同樣的效果需要15000秒。

臭氧是國際公認的環保型綠色殺菌劑，不會對環境造成任何二次污染，而氯制劑會與水中的有機物反應生成多種氯代有機化合物，如三氯甲烷、氯仿等，這些物質均為公認的致癌致突變物。當人游泳時，這些有毒物質會被人體所吸收（在水中人體每小時可吸收500毫升水）。水中的氯代有機化合物還會刺激人的眼睛及皮膚，從而引發紅眼及皮疹。

游泳池臭氧發生器選型從水中蒸發出來的氯代有機化合物以及氯氣等有毒氣體，聚集在泳池上方不易散去，損害人的呼吸器官，嚴重影響人們的身體健康，而使用臭氧則完全不會產生此種問題。

加氯所產生的次氯酸及其衍生物，嚴重腐蝕水處理系統及館內設備和結構如網架、暖氣等。臭氧是最強的氧化劑，可有效分解水中的腐植質，氧化水中的鐵、錳離子，分解水中散射光線的微小有機體，從而大大提高水的清澈度,使水呈現出美麗的藍色，而氯制劑則無此效果。為使水呈藍色，使用氯制劑的泳池，往往需加入硫酸銅鹽，對人極為有害。

加入氯制劑后，游泳池臭氧發生器選型必然會導致水的pH值的改變，使人感到不適，因而需加入堿性或酸性物質予以中和。而臭氧是中性物質，不會產生此種問題。臭氧能確保大客流量及高溫季節時水質的穩定性，高溫及客流量大時，水質往往不佳，此時，如果使用氯制劑，則需大量投加，這將帶來一系列副作用，如pH值的變化、對呼吸道及人體的刺激等；而大量投加臭氧則無此副作用。

使用臭氧發生器，可大大降低水處理工藝的管理及操作難度，同時臭氧發生器具有很高的安全性，而氯制劑在運輸、儲藏、使用時具有一定的危險性。

臭氧可分解水中的有機物且具有微絮凝作用，因而在正常客流量下，可以不用絮凝劑。

在一定的使用條件下，如逆流式循環、不使用活性炭濾罐，不必投加氯制劑、絮凝劑、pH調節劑，可將臭氧作為水處理唯一的藥劑。

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